分子病理诊断，是指应用分子生物学技术，从基因水平上检测细胞和组织的分子遗传学变化，以协助病理诊断和分型、指导靶向治疗、预测治疗反应及判断预后的一种病理诊断技术。分子病理诊断又称分子病理检查、分子病理检测、分子病理技术。从本质上讲，凡是基于组织和细胞分子水平上的疾病诊断都是分子病理诊断，这是广义的分子病理诊断，如免疫组化诊断。但目前公认的是狭义的分子病理诊断，即基于细胞或组织基因水平的病理诊断。

20世纪80年代的DNA原位杂交开启了分子病理检测的大门，随后相继出现了在组织切片上的原位杂交，目的是检测肝炎和肝癌组织中的乙肝病毒。之后，越来越多的肿瘤相关基因被发现，一批用于检测靶向治疗药物靶点的分子病理技术迅速问世，如FISH检测乳腺癌HER2基因扩增、ARMS法检测肺癌EGFR基因突变等。

1、显色原位杂交（CISH）

2、荧光原位杂交（FISH）

3、聚合酶链反应（PCR）

4、荧光定量PCR

5、基因芯片（DNA芯片或DNA微阵列）

6、DNA测序技术

首先，分子病理诊断为肿瘤的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免疫组化染色仍不能确定肿瘤的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域最广泛的要数软组织和骨肿瘤、淋巴造血系统肿瘤，因为这些系统的肿瘤相似而不同，单靠镜下表现和已知的抗体已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的乳腺癌分子分型，通过基因表达谱研究，可将乳腺癌分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。

其次，分子病理诊断在肿瘤靶向药物治疗方面也起着较为突出的作用。靶向诊断又叫药物伴随诊断，分子靶向药物针对的是特异的分子靶点，因此，在采用靶向药物治疗前必须对相应的分子靶点进行分子病理检测。比如大家广泛熟知的乳腺癌、胃癌HER-2基因的扩增与化疗方案的选择，EGFR基因突变与肺癌靶向性酪氨酸激酶抑制剂的治疗，乳腺癌21基因检测预测早期乳腺癌复发风险及化疗获益情况等。目前我科已成功开展乳腺癌、胃癌、结直肠癌Her-2FISH检测，年平均工作量在100例水平递增，即将开展的分子病理检测新项目也将结合医院临床实际情况和患者需求，选择性的侧重在肺癌、结直肠癌、子宫内膜癌、乳腺癌、甲状腺癌等基因突变检测上，如p53基因突变检测、K-ras、BRAF基因突变检测、非小细胞肺癌EGFR基因突变检测等。 

分子病理应用的检测样本主要包括石蜡组织、新鲜组织、脱落细胞、全血及其他体液等。石蜡切片标本厚度应在4-6μm，切片数量依据肿瘤组织大小而定。样本质量对检测结果和分析至关重要,病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血、坏死和不利于核酸检测的前处理(例如含HCl脱钙液处理),病变细胞(如肿瘤细胞)的总量和比例,避免假阴性。进行NGS检测前需通过病理诊断明确其肿瘤的性质及含量,根据不同肿瘤类型选择合适的基因panel测序。组织标本中肿瘤细胞含量建议达到20%以上,低于此标准可富集后检测。未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊断目的。